Pompeo tentò di raggiungere la provincia di Africa che il re Giuba aveva mantenuto a Pompeo e dove si erano rifugiati molti optimates fra cui Catone. Prima raggiunse Larissa, poi Anfipoli, Mitilene. Antiochia gli chiuse le porte, come pure Rodi. Infine il fuggiasco rifugiò a Pelusio, in Egitto. Potino, il massimo consigliere del re Tolomeo XIII, suo vassallo, lo fece uccidere da Achilla scortato, per non far destare dubbi, dal tribuno Lucio Settimio (ex centurione di Pompeo contro i pirati nel 67 a.C.). Pompeo morì il 28 settembre, alla vigilia del suo cinquantottesimo compleanno.
Cesare, che si era lanciato all'inseguimento del rivale, se ne vide presentare pochi giorni dopo la testa imbalsamata. La tradizione vuole che Cesare, vista la testa imbalsamata di Pompeo, scoppiò in lacrime. Di questo parla anche Petrarca nel sonetto 102 del suo Canzoniere:
«Cesare, poi che'l traditor d'Egitto
li fece il don de l'onorata testa,
celando l'allegrezza manifesta
pianse per gli occhi fuor sì come è scritto;
[...]»
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